宝宝嘴巴上火起水疱考虑出现了病毒感染引起的单纯疱疹，在临床治疗上可以口服盐酸伐昔洛韦片或者阿昔洛韦片，加强抗单纯疱疹病毒的治疗，同时局部可以涂抹阿昔洛韦软膏，或者喷昔洛韦软膏。
如果患者部分水疱出现变黄而导致脓疱发生的时候，可以配合应用抗细菌类的药膏，如莫匹罗星软膏、夫西地酸软膏进行涂抹，也可以选择中药制剂进行湿敷治疗，如复方黄柏液涂剂或者应用皮肤康洗液，进行外洗或者冷湿敷即可，在治疗的同时需要保证儿童的休息和睡眠。