心源性脑栓塞最常见的原因首先是心房纤颤，心房纤颤左心房血液淤积，形成血栓，如果血栓脱落，最常见的是出现脑梗死、脑栓塞，其次心内膜炎如果出现了赘生物，赘生物脱落也可引起心源性脑栓塞。
所以心源性脑栓塞的治疗主要是治疗房颤，如果有条件，应该将房颤转复为正常窦律，如果没有条件转复，一定要进行抗凝治疗，常用口服抗凝剂如华法林、利伐沙班、达比加群等。如果是心内膜炎引起的栓塞，一定要治疗心内膜炎。