角膜交联术是目前常用的治疗圆锥角膜的手术方式，最主要的副作用和危害为以下几点：
第一、术后会出现明显的疼痛，角膜交联手术过程中会刮除角膜上皮，从而在术后早期，尤其是三天之内造成明显的眼部疼痛，但是随着角膜上皮的修复，疼痛就会逐渐消失；
第二、眼部感染，在术后早期角膜缺乏上皮保护时，非常容易发生感染；
第三、病毒性角膜炎复发，角膜交联术有可能激活潜伏在角膜神经纤维中的病毒，从而引起病毒性角膜炎复发，因此有病毒性角膜炎的患者是禁止做角膜交联术的；
第四、引起干眼症，角膜交联手术后角膜上皮的健康会受到一定影响，短期内会引发眼睛的干涩，但是通常在三个月左右能够恢复。