大部分脑血栓患者需要给予内科保守治疗，少部分患者需要进行手术治疗。手术治疗主要包括急性期的机械取栓以及大面积脑梗死的去骨瓣减压术。机械取栓是指在DSA的监视下，通过血管内介入技术应用特殊的，可回收支架或者血栓抽吸系统，去除血栓已达到血管再通的目的，主要应用于急性脑梗死，发病6小时之内证实为前循环大动脉闭塞，发病24小时之内证实为后循环大动脉闭塞的患者。
一般由于时间窗控制得比较严，而且支架取栓术的费用相对比较昂贵，目前只有部分患者能够接受这种治疗。而去骨瓣减压术是因为急性大面积脑梗死，严重的脑水肿使病人出现了昏迷或中线移位，以及脑疝前期的表现，需要去除骨瓣减轻颅内压而达到挽救病人生命的目的。