肠镜是常规的肠道检查手段，但也可能发生风险危害以及并发症。平均约有2.8％的胃肠镜手术会发生风险和并发症，如果需切除肠道息肉，发生风险和并发症的比例会有所增加，包括胃肠穿孔。如果病人本身有其他肠胃病如肠息肉，可能会发生胃肠道出血。切除肠息肉后胃肠出血是正常的现象，通常无需担心。如果长时间出血没有停止，则需及时就诊。肠镜手术过程中使用麻药，也可能导致风险和并发症，例如麻药过敏反应和呼吸窘迫等。肠镜检查后也有可能发生细菌感染，但只要操作规范，肠镜产生并发症的比例不高。如果有胃肠道疾病要及时检查，以免延误治疗时间。