疱疹性咽喉炎的治疗，主要是抗病毒以及对症的支持治疗。疱疹性咽喉炎主要是由于感染导致的，比如腺病毒、柯萨奇病毒等。针对病毒感染的治疗，主要需要使用抗病毒的药物。
目前来说抗病毒的药物并没有非常好的针对性的特效药物，主要是一些广谱的抗病毒药物，可以口服广谱抗病毒药，以及使用抗病毒的口腔喷雾，进行抗病毒的治疗。同时可以使用非甾体类的抗炎药，来缓解咽痛以发热等一系列症状。一些中成药物也能够很好的改善疱疹性咽炎的咽部症状，可以使用中成药的口服液或者片剂进行治疗。