男性备孕检查主要分为生殖系统检查、泌尿系统检查、血液学检查、遗传性疾病等。生殖系统检查，主要查看有无包茎的情况，有无生殖系统肿瘤，睾丸的发育、大小、质地，是否存在隐睾，精索的硬度，有无压痛，以及既往有无前列腺炎、附睾炎，还要排除输精管是否通畅，有无精索静脉曲张的情况。
如有必要，需要检查精液常规，排除染色体异常，比如家族遗传性疾病，肿瘤病史。尿路系统主要排除尿道下裂尿瘘、尿道狭窄、感染性炎症，比如衣原体、支原体感染，是否有过既往性传播疾病，比如尖锐湿疣、生殖器疱疹病毒感染史。
血液学检查，主要排除甲肝、乙肝、梅毒、艾滋病等。男性备孕之前前要禁欲5-7天。