孩子生殖器红肿，处理方式需要根据其性别和原因来进行判断。
1、男孩：主要表现为包皮或者阴茎水肿，多见于包茎或包皮过长，一般为包皮炎或阴茎头包皮炎。治疗时可在包皮红肿处碘伏消毒，如有炎性渗液或脓液，则蘸尽渗液、脓液，之后局部涂抹抗生素软膏，如莫匹罗星软膏或红霉素软膏。
如果患儿包茎症状比较明显，包皮口小，影响排尿，包皮与阴茎头粘连紧密，导致炎性渗液或脓液不易排出，必要时可用手法处置。
手法扩张包皮口，适度分离包皮与阴茎头之间的粘连，一般手法处理效果好，如手法处理失败，则在控制急性期的包皮炎或阴茎头包皮炎之后，择期行包皮环切术。
2、女孩：常见为阴道炎，为细菌导致会阴部的感染，除细菌之外，蛲虫、滴虫等寄生虫也可导致，会阴部的积垢及阴道异物常可成为感染的诱因，主要表现为会阴部明显红肿，有时阴道口可有少量淡黄色渗液流出。
此时可清除局部的渗液及脓液，局部碘伏消毒之后涂抹抗生素软膏，如莫匹罗星软膏或红霉素软膏，必要时口服抗生素，如有发热等全身感染症状，则需要输液治疗。
如为蛲虫、滴虫等寄生虫导致，则需要驱虫治疗。同时女孩子会阴部的清洁非常重要，需勤换内裤，1.5岁以上的女孩子可训练其不穿开裆裤。
