目前C3肾小球肾炎的治疗，主要局限于个案研究和回顾性研究，缺少随机对照研究。非特异性的治疗，包括饮食上要注意低盐饮食，控制血压，降蛋白尿治疗。特别应用ACEI、ARB，可以延缓肾脏的损害。关于霉酚酸酯和利妥昔单抗等抗细胞免疫抑制，治疗的疗效目前报道不一。目前尚无证据支持C3肾小球肾炎可采用血浆置换疗法，抗补体C5的单克隆抗体、依库珠单抗，在大部分国家尚在临床试验阶段。在国外三个病例报道及小型实验中证实，其能减轻疾病，其主要也是免疫抑制的疗法。