十二指肠的治疗包括一般治疗，主要是建议改善生活习惯以及饮食方式，建议定量、定时的饮食，避免暴饮、暴食，并且建议避免辛辣、刺激的浓咖啡、浓茶，建议戒烟、戒酒。
药物的治疗主要使用抑酸药，常用的是H2受体的阻滞剂，比如法莫替丁或者雷尼替丁等。也可以用质子泵抑制剂，比如常见的奥美拉唑、兰索拉唑、艾司奥美拉唑或雷贝拉唑等，相比质子泵抑制剂的抑酸作用比H2受体的拮抗剂作用更强一些。同时，也可以加用黏膜的保护剂，比如果胶铋或者硫糖铝等。除此以外，对因治疗也是非常重要，就是明确病因，如果有幽门螺杆菌的感染，建议应该积极的根除幽门螺杆菌。如果是药物引起来，比如去痛药或者阿司匹林，应该避免在使用这一类的药物。