济生肾气丸是在六味地黄丸方子的基础上增加了几味药，像牛膝、制附子、车前子、肉桂，增强了温阳、利尿的作用，所以它的功效变为温肾利水、利水消肿。主要可以用于治疗肾虚水肿所导致的腰膝酸重、小便不利、痰饮、喘咳的症状。
现代研究济生肾气丸具有保护肾脏的作用，而且还可以降低肾炎导致的尿蛋白，可以降低血清肌酐、尿素氮的含量。但是因为济生肾气丸含有制附子、牛膝，所以妊娠期妇女是要禁用的。因为附子、半夏、瓜蒌、贝母、白蔹、白芨存在十八反，所以也不宜与含有以上药物成分的制剂或者汤药一起服用。