黄体囊肿不会影响怀孕，一般来讲，黄体囊肿是发生在月经后半期的一种生理性囊肿，这种生理性囊肿是由雌孕激素刺激所导致。囊肿本身比较小，而且月经以后可以消失。这种囊肿不影响到卵巢功能，也就是常常出现在排卵以后，排卵以后卵子已经排出，如果此时怀孕对机体没有影响。
只有极个别的情况，如果发生了黄体囊肿蒂扭转，出现了急腹症，需要进行手术治疗时，可能会影响到妊娠的继续。也就是如果卵巢已经坏死，需要切除卵巢，此时就应该补充孕激素来维持妊娠。它对怀孕本身没有影响，不出现合并症，也不出现扭转等情况，对激素也没有影响，这是生理的情况。