婴儿存在过敏性肠炎最主要的先去回避过敏原，因为孩子过敏性肠炎往往是因为接触过敏原，比如有牛奶蛋白过敏，此时吃整蛋白奶粉就会出现过敏性肠炎的表现，所以要做过敏的回避，比如对牛奶蛋白过敏，就不能再吃整蛋白奶粉，要换用低敏奶粉，比如氨基酸奶粉或者深度水解蛋白奶粉。
如果是对母亲所食用的某些食物过敏，妈妈就需要注意自身饮食的忌口，容易引起孩子过敏的食物就不要吃了。当做到过敏原的回避之后，孩子的肠炎相关表现，也会得到很好的缓解。除此之外，针对孩子肠炎本身的症状，也可以使用药物，比如腹泻非常严重的情况下，可以考虑短时间的使用蒙脱石散，同时也可以使用益生菌或者乳糖酶等，能够帮助缓解相关的症状，使孩子更快的得到恢复。