大姨妈没来干净同房会引起炎症、出血、子宫内膜异位症的可能，月经刚刚来此时宫颈口开放，同房病原菌上行感染引起盆腔炎、子宫内膜炎、附件炎，经期又不方便诊治，迁延治疗会发展到慢性盆腔炎、盆腔脓肿。
进行活塞式运动的性交，反复冲击子宫会使宫腔内的压力升高，子宫内膜一时受到刺激可能会引起大片不均匀脱落，导致出血增多，甚至会出现月经延长的可能。性冲动更会刺激子宫收缩，在压力的作用下使脱落在宫腔的子宫内膜碎块会随子宫收缩的压力，进入输卵管到盆腔，种植、生长而发生子宫内膜异位症，引起痛经、慢性盆腔痛，甚至不孕。因此，只要是经期，即使用安全套也不建议发生性行为。