牙床长溃疡的治疗方法主要是局部用药，例如可以在溃疡的局部喷涂西瓜霜喷剂、呋喃西林糊剂、利多卡因凝胶、重组人表皮生长因子凝胶、曲安奈德软膏或含漱康复新液。牙床长溃疡的患者在饮食上不要吃特别热辣和过硬的食物，以防对溃疡面造成局部的刺激药，要多吃新鲜的蔬菜和水果，保持清淡的饮食。
牙床长溃疡还可能是相对应的牙齿患有慢性根尖周炎，根尖周的炎症在牙龈处产生窦道和排脓的途径，使得牙龈出现红肿、溃疡，甚至长脓包。这种情况的治疗方法是要对患牙做根管治疗，彻底清除掉牙髓腔内感染物质，当根尖的炎症被机体逐渐吸收后，牙龈的溃疡也会逐渐愈合。