阴茎根部出现疼痛，主要由泌尿系统感染、泌尿系统结石或者肿瘤性疾病而导致的。泌尿系感染主要有急性的泌尿系感染，是因为细菌进入到尿道、膀胱、前列腺等部位，而产生局部的菌落堆积，造成相邻器官的损伤。尿液经过时就会出现明显的尿频、尿急、尿痛，以及血尿、发热、寒战等症状。
还有一部分是慢性的前列腺炎症，也会放射性的引起阴茎根部的胀痛、刺痛不适。另外一部分泌尿系统结石或者肿瘤在膀胱内会形成局部的放射性疼痛，反射性地引起阴茎根部疼痛不适。另外也需要注意膀胱、肌肉协调功能紊乱的膀胱过度活动综合征，需要到医院明确诊断。