吸入性肺炎治疗时间与吸入的菌群有关系，最常分离到的是厌氧菌，如消化链球菌属、拟杆菌属、梭杆菌属等，常为混合感染。除了上述厌氧菌外，还有需氧和兼性厌氧菌同时存在，其中最常见的需氧和兼性厌氧菌为肺炎球菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、草绿色链球菌、肺炎克雷伯菌、大肠埃希氏菌、铜绿假单胞菌等，还可以见少见的奴卡菌等。
针对厌氧菌的治疗，一般是青霉素类的和头孢类都可以，治疗的疗程大约是两周左右，但是如果吸入的是金黄色葡萄球菌，金黄色葡萄球菌容易产生耐药性。出现MRSA这种情况，需要选择万古霉素、替考拉宁等，治疗疗程是6-8周，对于吸入诺卡菌的患者，平均疗程六个月，所以不同菌群治疗时间不一样。