松果体囊肿一般不会自行消失，这是一种先天性疾病。在磁共振日益普及的情况下，松果体囊肿会越来越多的被发现，绝大部分患者是没有任何的临床症状，患者只是意外发现松果体囊肿。
松果体囊肿绝大部分情况处于静止期，囊肿体积不会变大，也不会变小，但是有少部分患者的囊肿体积可能会不断变大，会压迫脑脊液循环通路，引起梗阻性脑积水，出现头痛、恶心、呕吐、行走不稳等症状。此时则需要行手术治疗，手术开颅将囊肿切除，或者是进行神经内镜下囊肿切除术，所以松果体囊肿不会自行消失，只可能不断变大或者是静止不变。