扁桃体切除以后对肾脏没有影响，扁桃体反复发炎可以引起全身的炎症反应。如果扁桃体反复发炎，可以对身体的内脏有影响，对肾脏也会有影响，所以如果扁桃体反复发炎，建议切除扁桃体，切除扁桃体以后，不会对肾脏有影响。
相反对肾脏可以起到保护作用，不会因为扁桃体反复发炎而引起肾炎以及身体其它部位的炎症。所以扁桃体每年发作五次以上，建议切除扁桃体。扁桃体虽然是免疫器官，但是如果反复发炎，它形成一个病灶，对身体的弊大于利，所以需要进行扁桃体的切除手术。