儿童感染幽门螺杆菌以后很难自愈，一旦感染不容易清除，有时甚至终身感染，即使清除清幽门螺杆菌感染，也容易再次感染。但是，儿童感染幽门螺杆菌的表现和成人有所不同，症状往往表现的比成人轻，一般胃肠道炎症反应轻。在儿童幽门螺杆菌感染的根治治疗当中，一直有争议，一般不主张积极杀灭幽门螺杆菌。幽门螺杆菌感的根治治疗有着严格的适应症，一般必须根治多用于消化性溃疡、胃淋巴瘤。
在以下情况可以考虑根治，比如有慢性胃炎、胃癌家族史，不明原因的难治性缺铁性贫血，计划长期应用低剂量的阿司匹林等等，监护人或者是年长儿家长强烈的要求治疗的情况下，才进行幽门螺杆菌的根治治疗。根治幽门螺杆菌常用的药物，像抗生素的阿莫西林、甲硝唑、替硝唑、克拉霉素等等，还有胶体铋剂、抗酸分泌药物奥美拉唑。一线的根治方案，可以用克拉霉素加质子泵抑制剂和阿莫西林，疗程一般是10-14天。如果青霉素过敏，可以换用甲硝唑或者替硝唑。一线方案失败以后，可以改用二线治疗方案，用质子泵抑制剂加阿莫西林加甲硝唑，以及胶体铋剂，疗程一般也是10-14天。