男性行双侧输精管结扎手术一般是在麻醉状态下进行，所以手术当中不会有疼痛，采用的麻醉方式包括全身麻醉和椎管内麻醉，由于此手术位置比较表浅，仅在阴囊表面手术，手术切口也不大。
所以可以在局麻下进行，在行阴囊局部麻醉时可能会出现疼痛的感觉，此类疼痛感觉可以耐受。该手术术后疼痛也比较轻微，部分患者在一段时间后会出现附睾淤积症，可能会导致阴囊、附睾周围疼痛。