卵巢囊肿分为功能性和非功能性的卵巢囊肿，根据两种类型可以有不同的方法来有效的预防，减少卵巢囊肿的发生。功能性卵巢囊肿主要包括滤泡囊肿以及黄体囊肿，还有一部分是由于炎症引起来卵巢的积水所引起来的囊肿。对于这类人可以口服短效避孕药，预防黄体囊肿以及滤泡囊肿。
对于炎症引起来的积水所引起的囊肿，可以增加抵抗力、减少熬夜以及情绪剧烈的波动，在生活的环境中保持尽量少接触污染的物质，能够减少功能性卵巢囊肿的发生。对于非功能性卵巢囊肿，包括皮样囊肿以及囊腺瘤，或者是卵巢子宫内膜异位囊肿，由于发生的几率比较复杂，有些还跟遗传有关系。除了在胎儿期，也就是妈妈要注意生活的习惯，尽量少接触激素样的物质以外，主要是在生活中要定期体检，在比较小的囊肿的时候就能够早发现，甚至早治疗，以免引起严重的并发症，甚至是发生恶性变。