新生儿甲减常见的原因有：
一、母体缺碘从而导致供应胎儿的碘缺乏，以致胎儿的甲状腺发育不全和激素合成不足。
二、基因突变导致的先天性甲减，其病因很复杂，目前查明的突变基因主要有TH合成酶基因、TSH受体基因、TPO基因、TG基因等，可包括TSH抵抗综合征、TH抵抗综合征、TH合成障碍综合征。
三、先天性中枢性甲减，可以分为先天性垂体性甲减和先天性下丘脑性甲减两种，主要是垂体或者下丘脑病变所导致的先天性甲减。