目前研究表明房间隔缺损的不是单一病因，可能是多种病因，其中遗传因素占15%，表现为染色体异位或者畸形，导致房间隔发育过程中的异常。更大一部分是环境因素导致，环境因素中又包括很多方面，包括宫内感染。
如果孕妇在怀孕前3个月，也就是孕早期曾经感染过病毒或者细菌，尤其是风疹病毒、柯萨奇病毒，非常容易出现先天性心脏病。另外，孕妇在整个怀孕过程中有放射性接触、营养不良或者胎儿存在宫内缺氧，以及孕妇在整个怀孕过程中有些药物接触，孕妇本身高龄或者在孕早期时曾经出现过先兆临产的情况，容易出现先天性心脏病。
另外，发现地域的不同，患有先天性心脏病、房间隔缺损的概率也不一样，高原地区更容易出现先天性心脏病、房间隔缺损。整体来说，能查出具体病因的房间隔缺损是极少数的，很多都是后期推测或者根本不能明确是哪种病因。