痰检阴性只能说明患者送检的痰中没有检出来致病菌，这种结果并不能说明患者没有被微生物感染。痰检阴性一般可能见于以下几种情况：
1、患者本身可能就没有被病原微生物感染，患者所呈现出来的发热、咳嗽、咳痰、喘息可能是其它原因引起来的，比如过敏、间质性肺炎、肺部恶性肿瘤等等。
2、患者出现的发热并非是呼吸系统感染引起来的，可能是其它系统感染所导致的，比如胃肠炎、泌尿系统感染、脑炎等等，如果患者痰培养前使用过抗生素，很可能因为抗生素的原因导致培养结果的阴性，但其实患者是有病原微生物感染的。
3、患者留取的标本并不合格，可能并不是深部的痰，就是口腔的唾液，一般要在清晨漱口以后用力咳嗽，要把深部的痰咳出来作为痰标本送检，阳性率才会高。
4、留取痰后要及时的送检，一般必须在两个小时内送检，否则痰中的病原微生物有可能会死掉而查不出来。