龟头刺痛流脓需要进一步检查明确病因后，选择合适的药物治疗：第一、龟头炎。如果患者没有不洁的性接触史，出现龟头刺痛、流脓，考虑细菌感染引起的化脓性炎症。建议进行相关分泌物的细菌涂片和培养检查，根据培养的结果选择合适的药物。也可经验性的用药如高锰酸钾溶液稀释以后进行局部清洗，去除表面的分泌物保持干燥。口服头孢克肟胶囊一粒，每日2次连续口服一周。局部可外涂百多邦软膏少许，每日3次连续外涂一周。第二、如果有过不洁的性接触则多考虑患有淋病，需要进行淋球菌的培养或者淋球菌涂片检查。确诊以后建议静脉输注头孢曲松钠1.0g，静脉滴注每日2次连续使用一周，并保持局部清洁干燥可使用高锰酸钾溶液进行局部清洗，清洗完毕保持局部清洁。