大便时肚子疼是因为肠道功能紊乱而引起，也有少部分人是因为肠炎引起的疼痛，人体排便时肠道会伴随蠕动，但是有不少人肠道的蠕动功能会比较差，尤其是粪便比较干燥的人，在排便的过程中粪便难以排出体外，这个时候肠道就会增加蠕动功能，帮助粪便的排出，这种情况下会导致肠绞痛发作，因此引起肚子疼痛。
对于排便困难造成的肚子疼痛，在排便后症状就会逐渐缓解，不会持续很长一段时间。部分人患有肠炎，在大便时也会伴随腹部疼痛，与肠道有炎症，粪便经过时造成刺激有一定的关系。对于肠道炎症引起的大便时肚子疼痛，需要使用抗生素进行缓解，炎症得到控制后肚子疼痛才会消失。