导致女性阴道内流咖啡色分泌物的具体原因，与这种分泌物流出的时间有一定关系：
1、在两次月经的中间时间段，流出的咖啡色分泌物是一种正常的生理现象，即排卵期出血。造成出血的原因，是由于排卵期时体内的雌激素水平一过性降低引起的。
2、宫腔内放置节育环的女性，会出现阴道内咖啡色分泌物流出，与节育环刺激引起子宫内膜的炎症反应有关，可以适当服用止血的药物进行治疗。
3、与月经周期没有关系，伴有瘙痒、异味等症状的咖啡色分泌物，则是由于子宫内膜炎、宫颈炎等妇科炎症性疾病引起的。