三叉神经痛分为原发性和继发性三叉神经痛两种，各自的病因亦不相同。原发性三叉神经痛的病因，为三叉神经根部，即三叉神经出脑干处，受到异位的扭曲的小血管压迫，造成神经的脱髓鞘改变，神经纤维脱髓鞘后，容易造成传导的通路，从而引起疼痛。继发性三叉神经痛为桥小脑角三角区三叉神经附近的肿瘤、血管畸形、动脉瘤或者蛛网膜炎等压迫三叉神经造成，肿瘤中最常见的为桥小脑角区的胆脂瘤。此外还有三叉神经炎、多发性硬化、脑干三叉神经核病变，引起继发性三叉神经痛。