黄体酮针的副作用主要有：
第一、阴道出血，黄体酮主要用于治疗月经不调建立人工周期，停药以后往往会导致不规则的阴道出血。
第二、水钠潴留，较长时间的使用黄体酮，体内黄体酮水平比较高，可以使水和钠的排出障碍，所以会引起体重的增加。
第三、消化道反应，使用黄体酮会引起消化道的反应，尤其是保胎，用的黄体酮剂量比较大，往往会使早孕反应加重，引起胃肠道的不适，如呕吐、头晕等等。
第四、注射部位的疼痛，肌肉注射黄体酮会引起注射部位的疼痛、瘙痒。