根管治疗的危害可能会产生多种异常的反应，如牙齿变得很脆弱。因为牙齿抽去了牙神经就等于没有了牙髓的营养提供，所以牙齿就像大树没有了树根一样变得很脆弱。
有牙齿结构受到损伤或者牙龈红肿、发炎的现象，但是这些现象都是暂时性的，一般在3天左右就能恢复。根管治疗封闭不良，没有清理干净根管里的细菌，组织液可深入根管，导致根管内细菌繁殖引起急性慢性根尖周炎的发生。
牙髓处理不够完善，导致残髓炎症的发生。不过一般根管治疗结束后，需要按照牙体形态进行打桩治疗来增强牙体的硬度，或者需要备牙做冠来提高牙体的强度。