对于耐甲氧西林金黄色葡萄球菌，主要使用万古霉素类的抗生素进行治疗，包括有万古霉素、去甲万古霉素和替考拉宁，可以治疗由耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染引起的败血症、心内膜炎、骨髓炎以及呼吸道感染等。此类药物进入人体之后，在体内分布广泛，绝大部分通过肾脏以尿液的形式排出体外，主要的不良反应为耳毒性，病人可出现耳鸣、听力减退甚至耳聋，停药可以症状缓解。此外可以造成肾脏的损害，病人可以出现血尿、蛋白尿甚至肾功衰竭；少见的可以出现皮肤皮疹、过敏性休克；其他病人可以出现恶心、呕吐等胃肠道症状。