幽门旋杆菌的四联疗法，最常见的首选治疗药物有质子泵抑制剂、胶体铋剂、克拉霉素和青霉素类，如阿莫西林、阿莫西林克拉维酸钾等药物。以这四个药物为例来说一下副作用，具体如下：
第一、质子泵抑制剂，分为奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑等等。这些质子泵抑制剂的不良反应，主要是有头痛、头晕、嗜睡、恶心、腹泻和便秘，还可以出现皮疹和肌肉痛等。大致一般情况下，副作用都比较轻微，发生率在2.5%左右。
第二、胶体果胶铋是铋剂的一种，以它为代表的药物，不良反应主要是服用该药物以后，舌头会变成黑色被染黑，大便成一种没有光泽的黑褐色，但都没有什么危害，也无需特殊处理，停药一段时间以后自行就会恢复。
第三、消炎药，克拉霉素主要胃肠道反应比较常见，表现为腹痛痉挛性，也可以有恶心、呕吐、腹泻，剂量越大反应越重，偶尔可见口炎、胃灼热感、食欲缺乏、黑粪便和瘙痒等。有个别病人可能发生过敏反应，如荨麻疹、皮疹等。神经系统反应可以表现为头痛、头昏和乏力，所以使用克拉霉素以后要注意不良反应，还有个别的病人可能会出现血细胞量的改变或者是肝酶增高，要谨慎用药。
第四、阿莫西林也可以用阿莫西林克拉维酸钾，属于青霉素类药物，常见的胃肠道反应如腹泻、恶心、呕吐等，也可以出现皮疹，尤其容易发生于传染性单核细胞增多症的患者，还可以出现过敏反应。青霉素要做皮试，有个别的病人会发生青霉素的过敏反应，要警惕，偶尔可以见到转氨酶的增高、嗜酸性粒细胞的增多、白细胞降低等等。
总之，这些就是四联疗法常见的副作用。
