女生缺乏雌激素，主要表现的是生殖器官不能正常的发育。雌激素对女性生殖系统有重要的调控作用，对全身许多器官、组织也有影响。雌激素能够促进子宫、输卵管、阴道、外阴等生殖器官的发育和成熟，并维持正常的功能。
如果在青春期前女生缺乏了雌激素，雌激素过少，生殖器官就不能正常的发育。雌激素可以协同卵泡刺激素，促进卵泡的发育，诱导排卵前黄体生成素高峰的出现，并诱发排卵，是卵泡发育成熟、排卵不可缺少的调节因素。如果雌激素过少，不能正常排卵，这样月经周期就会紊乱。雌激素如果过少，对女生第二性征的形成也有重要的影响。
雌激素可以刺激乳腺导管和结缔组织的增生，促进乳房的发育，也可以使乳头、乳晕着色，也可以促使脂肪沉积在乳房、臀部等部位，维持女性的第二性征，雌激素缺乏的女生乳房会明显的变小。雌激素在女生中如果水平过低，也会引起骨成熟延迟，导致成人身高过高。雌激素对心血管系统有保护作用，如果女生雌激素水平缺乏，也可以造成心脑血管疾病提前出现。