阴蒂疼痛的主要原因有：1、局部的外伤或者摩擦，造成阴蒂局部黏膜损伤引起的疼痛，可以用碘伏局部消毒，观察一段时间。2、不注意局部的卫生，会阴部比较潮湿，局部容易滋生细菌，细菌致阴蒂黏膜水肿、充血，从而产生疼痛，平时一定要注意会阴部的清洁。3、阴道、外阴或者盆腔的炎症，波及到阴蒂时也会造成阴蒂疼痛的问题，可以对症进行治疗。4、生殖部位的尖锐湿疣，疣体生长在阴蒂的皮肤黏膜上时，也会出现疼痛的问题。5、前庭大腺的囊肿，增大的包块牵拉阴蒂的周围组织时，会出现阴蒂的疼痛表现。6、生殖器的疱疹，尤其是带状疱疹发生于阴蒂部位时，会出现比较剧烈的明显的疼痛症状。