植物神经功能紊乱主要是由于交感和副交感神经紊乱导致，临床上会造成明显的直立性低血压、心慌、胸闷、消化功能不好等症状，其诊断主要根据病史及相关的客观检查以除外一些器质性病变，如直立性低血压可以测卧立位血压测量，如果直立时血压明显下降可以诊断有直立性低血压的存在。
如果患者有胸闷、心慌等表现，做了心脏相关的检查，如心电图、超声心动图、24小时动态心电图都未见异常，有可能是植物神经功能紊乱引起来的。如果患者有尿便障碍、括约肌功能障碍，可以做肛门括约肌的肌电图，也可以检查植物神经功能是否受损。
因此植物神经功能紊乱的确诊主要是根据病史以及客观的检查，除外明显的器质性病变就可以诊断。