晚期艾滋病患者死亡的最主要原因是各种严重的机会性感染，在长达数年的无症状期后，艾滋病感染者逐渐进入临床发病期，通常情况下，当CD4阳性T淋巴细胞水平小于200/μL，各种机会性感染就接踵而至。常见的感染并发症可以由细菌、真菌、病毒和原虫引起，可涉及全身多个系统，包括神经、呼吸、心血管、血液、内分泌、消化道、泌尿生殖系统、肝、脾和结缔组织。
常见的机会性感染主要包括巨细胞病毒感染、肺孢子菌肺炎、结核病、鸟分支杆菌病、弓形虫病以及各种真菌感染等，由于患者免疫力极度低下，各种机会感染既严重又难以治愈，最后因为感染性休克或者多器官衰竭导致死亡。总之，艾滋病的感染者大部分死于感染合并症，所以艾滋病的感染者一旦明确诊断之后，需要尽早的进行抗艾滋病病毒治疗，及时、规范的抗病毒治疗能够抑制病毒复制，维持机体免疫功能，避免感染者进入艾滋病发病期，从而达到延长感染者寿命的目的。