阴茎肿痛、不舒服最常见于尿道炎，病人发生急性尿道炎时常会有5-7天的潜伏期，在潜伏期期间会出现阴茎、尿道不适症状，还会出现致病微生物刺激尿路黏膜，出现黏膜红肿、糜烂，还会出现尿道刺痛、刺痒症状，少数病人还会出现尿道口分泌物。
病人出现阴茎肿痛、不舒服时，需及时到泌尿外科就医。通过分泌物培养常常能找到致病微生物，通过选择有效的抗生素，如阿莫西林胶囊、阿奇霉素分散片、盐酸多西环素、盐酸米诺环素等药物序贯治疗4周左右，多数病人阴茎肿痛、不舒服症状会明显好转。