益生菌能维持胃肠道的菌群平衡，培植有益菌，消除有害菌，由于体质弱、肠道感染或大量服用抗生素导致腹泻的孩子，胃肠道的菌群平衡被破坏，因此需要补充外源性的益生菌恢复平衡。
肠道中的消化酶50%是肠道益生菌分泌的，因此益生菌能参与促进消化吸收功能，益生菌还能合成人体所需要的多种维生素，尤其是B族和K族维生素。
益生菌还促进各种人体必需的微量元素的吸收，能改善乳糖不耐受，促进因腹泻受损的小肠绒毛膜上皮细胞的增生，有利于乳糖酶的恢复。
服用益生菌以后身体可以产生短链脂肪酸、有机酸等来刺激大肠蠕动，因此能缓解便秘。
益生菌还有增强免疫力的作用，可以刺激机体的非特异性免疫功能，提高自然杀伤细胞的活性，改善肠道的屏障功能，促进肠道的淋巴组织发育成熟，促进肠道的免疫功能，从而减少过敏、腹泻和肠道感染。