在某种疾病和特殊状态下，个体接种疫苗后会产生严重不良反应的概率，此时不能或暂时不能接受疫苗接种，因这些状态和特殊的情况称为预防接种的禁忌症，禁忌症以个体健康状态为前提，而不是以疫苗所决定的，且大多数禁忌症是暂时性的。当疾病痊愈或状态消失时可以补种疫苗，不同的疫苗有些禁忌症不同，特殊禁忌症专指某种疫苗所特有的禁忌症，并不是所有的疫苗都不能接种。根据WHO提出下列情况应为常规疫苗的禁忌症：
一、免疫异常、免疫缺陷、恶性肿瘤以及应用糖皮质激素，及代谢药物和放射治疗而免疫功能受到抑制者不能使用减毒活疫苗。对上述儿童及其兄弟姐妹和接触者可用脊髓灰质炎灭活疫苗，来替代脊髓灰质炎减毒疫苗，
二、急性传染病。如果受试者正患急性传染病或急性传染，病的痊愈期不到两周，应推迟接种。
三、既往接种疫苗后出现严重不良反应，需要连续接种疫苗者如果前一次接种后出现严重反应，比如超敏反应、虚脱和休克、脑炎或惊厥，则不应该继续接种以后的几次疫苗。
四、神经系统的疾病。对患有神经系统疾病的儿童如未控制的癫痫、婴儿痉挛症、脑炎后遗症进行性脑病，不应接种含有百白破抗原的疫苗以及乙脑疫苗和流脑疫苗。
WHO也强调计划免疫不应该有很多的禁忌症，尤其是计划免疫所针对的传染病。这些传染病的发病率和死亡率很高，营养不良和患病儿童感染这些疾病会引起死亡的危险性增加。这些儿童更不能失去免疫接种的机会，比如轻度的发热、腹泻和营养不良的儿童，均可以进行免疫接种。
