扁桃体发炎主要是由于病毒或者细菌感染导致的，常见的细菌有乙型溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎双球菌等，常见的病毒如腺病毒、流感病毒等，都有可能会导致扁桃体的发炎，两者同时存在的可能性也是有的。
通常是在机体抵抗力下降的时候，如感冒、疲劳等情况下，容易诱发扁桃体发炎。扁桃体发炎急性期可以通过抗生素等药物进行治疗，如果是慢性扁桃体炎反复发作，可以通过手术的方式切除扁桃体，以避免扁桃体炎长期发作，导致全身系统性的损害。