非典型鳞状上皮细胞病变部分HPV阴性患者可以自愈，阳性患者应积极治疗。
非典型鳞状上皮细胞，主要是指ASCUS，也就是意义不明确的非典型鳞状上皮病变。这种情况一般要进一步检查HPV，如果HPV阴性，可以长期随诊观察，常在随诊观察中，细胞学检查就会逐渐转为正常，变为正常上皮细胞。如果HPV阳性，需要行阴道镜下宫颈多点活检，明确诊断，以除外宫颈癌前病变，甚至宫颈癌。如果阴道镜下活检提示宫颈癌前病变或者宫颈癌，要给予相应的特异手术治疗。如果阴道镜下活检未发现明显病变，对于ASCUS，HPV阳性，一般要给予抗HPV治疗，之后定期随诊观察。
对于非典型鳞状上皮细胞，在临床上不用紧张，建议3-6个月左右再做一次TCT的化验。如果有可疑病变，必要时需要进行活检。根据活检的结果决定后续的治疗，是继续观察，还是进行宫颈锥切治疗。