巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症的一种，也就是说异位的子宫内膜异位到卵巢上，在卵巢上形成囊肿。
这种囊肿的内部由于是子宫内膜的成分，所以它随着女性的月经周期出现周期性的变化，每个月这个囊肿都要内部出血1次，然后机化、粘连、止血等等。
这样周而复始，就引起了卵巢内部囊肿的形成，囊液是类似于巧克力颜色的比较黏稠的液体，可以是单侧也可以是双侧。
患了卵巢巧克力囊肿容易引起继发的不孕，因为引起盆腔粘连以及输卵管的堵塞或者是不通畅，如何进行根治？先看巧克力囊肿的数目和大小，如果是单侧或双侧，直径<3-4cm以下，可以通过药物和保守治疗，不用通过手术治疗。
但是如果巧克力囊肿直径>4-5cm，就建议进行腹腔镜的微创手术治疗，尤其是育龄期的妇女准备要孩子的，更应该积极处理。
因为长时间的巧克力囊肿的刺激和不良影响会导致卵巢皮质的破坏和周围组织的粘连引起不孕，通过微创的手术去除巧克力囊肿，保留卵巢功能，以后注意定期复查，避免复发。
巧克力囊肿是一种良性疾病，但是它的复发率很高，它的生长过程呈现一种类似于恶性肿瘤的行为，特别容易复发。所以一般在做完巧克力囊肿剔除手术之后，还要用药4-6个疗程，用GnRH类药物抑制激素的水平，抑制巧克力囊肿的复发，这样才能做到根治。