桥本甲减是由于自身免疫机制，导致患者出现的甲状腺功能减退。桥本甲减患者体内通常存在针对甲状腺的自身抗体，主要有抗甲状腺过氧化物酶抗体、抗甲状腺球蛋白抗体以及抗甲状腺微粒体抗体等，这些自身抗体存在，可以导致甲状腺出现大量淋巴细胞浸润，介导免疫反应，可以导致甲状腺滤泡上皮细胞受到破坏，患者可以出现甲状腺激素合成和分泌功能下降，也就是导致甲状腺功能减退症的发生。
在知道自身免疫性导致的甲减情况下，通常在饮食上建议低碘饮食，减少富碘食物，如海带、紫菜的摄入。另外应该在医生指导下使用左甲状腺素钠进行替代治疗，而且应该定期随访，根据随访结果及时调整药物剂量，患者不要擅自停药。