冲牙器的危害主要有可能会导致牙龈萎缩，另外还有会损坏人体的唾液。长期使用冲牙器由于冲牙器的力量掌握不好或者过大，很有可能导致人体口腔牙龈的萎缩，而牙龈萎缩无法逆转，因此要注意使用冲牙器的方法以及力度，避免牙龈萎缩的发生。
另外，冲牙器还有可能会损坏人体的唾液，冲牙器的冲击力度在清洁口腔的时候，会导致大量的唾液流失，损坏唾液，但这种情况一般只出现在过度使用冲牙器的时候，只要控制好使用频率就可以尽量避免危害的发生。
在使用冲牙器的过程中注意力度的掌握，注意防止牙龈萎缩的发生。冲牙器和刷牙不同，刷牙可以清洁牙齿的菌斑、牙结石等等，而冲牙器只是辅助的清洗环节，应该与刷牙相互辅助，保持口腔清洁卫生。