血栓通常见的副作用包括以下几种：
第一、所有的药物都存在过敏性反应，因此有些患者在使用过程中也会出现过敏性皮疹。
第二、血栓通主要是通络活血，有一定的出血风险，特别是有些患者在胃溃疡的基础上会有胃肠不适以及少量出血，如黑便、牙龈出血、痰中带血以及鼻子出血等，特别是有些妇女月经期量会增多。
血栓通对于血压较高的患者不建议使用，血栓通有活血化瘀的主要作用，虽然可以改善胸闷、气短以及视网膜静脉堵塞等症状，但是由于其有一定的抗血小板以及活血作用，因此对于既往有出血病史的患者不建议使用，且不建议长期应用。