扁平疣的治疗，第一步就是要把这些疣体去除掉，第二步治疗是帮助抑制局部的病毒减少复发：
1、去除疣体的方法在西医比较建议使用物理方法，比如说用激光或者是电烧或者是电离子等等这些物理方法来去除疣体，这种方法非常迅速，疣体祛除的效率很高，基本上一次治疗，治疗到的部位疣体就能够清除掉。第二个就是外用药的治疗方法，外用药起效会比较慢，比如说用伊可尔或者是用维A乳膏、阿达帕林、一些中药的洗剂，这种方法可能也是有效果的，只是说去除疣体太慢了。在这个过程中这些病毒可能又会播散，起更多的疣，所以还是建议用物理的方法来去除。
2、抑制局部的病毒，因为我们除了看到的长出来的扁平疣以外，在周围正常的皮肤里面可能也有病毒潜伏，因此在去除了疣体以后，我们要局部去用减少病毒的药。常用药就是干扰素的凝胶或者干扰素的乳膏、干扰素的喷雾，或者是说一些中药的制剂，比如说像伊可尔稀释以后的湿敷，或者是一些中草药熬的这些液体涂擦等等，都是有一定效果的。
在这个观察的过程中还要密切注意，如果发现有新长出来的小的扁平疣我们也要及时的把它去掉。因为这个长出来的扁平疣是病毒比较集中的地方，如果我们不去处理它的话，它又会播散、又会传染。扁平疣是能够治愈的，只要我们做到积极的祛除疣体，在随诊的过程中发现小的疣体及时去除，那么再配合外用抑制病毒降低、复发的药，扁平疣是都能够治愈的。
