阴茎流脓、刺痛就是有感染，这种情况的感染绝大多数都是淋球菌感染，同时也要注意是否有非淋感染的可能性，建议取阴茎流的脓液做淋球菌、支原体、衣原体的涂片检查，可以明确是由什么感染引起。
如果是淋球菌感染，建议使用大剂量的青霉素静脉滴注，或者头孢曲松钠静脉滴注，通过2-3天的治疗可以达到彻底治愈。
如果是支原体、衣原体感染引起，建议使用阿奇霉素、罗红霉素、克拉霉素等进行治疗，治疗7-10天可以达到治愈。如果已婚有配偶和性交，应该夫妻同时检查和治疗。