滤泡性结膜炎可能是很多原因引起，有些患者可能是衣原体感染以后引起的沙眼，眼睑部会有较多滤泡，所以需要全身以及眼睛局部药物治疗，比如局部点抗生素眼药水以及眼药膏，通常用利福平滴眼液、新霉素眼药水、红霉素眼膏等等。如果是急性期或严重沙眼，应该全身应用抗生素治疗，一般需要口服红霉素药物。
有些患者可能是腺病毒感染以后引起的病毒性结膜炎，所以需要进行抗病毒药物治疗，比如用阿昔洛韦滴眼液等等。如果是慢性滤泡性结膜炎，双眼可能同时发病，若没有明显临床症状，可以不用处理。如果有自觉症状，可以按照慢性结膜炎治疗，一般还是考虑局部用抗生素滴眼液为主，比如氧氟沙星滴眼液。