肾结石的治疗，需要根据结石的大小、结石的位置、结石是否合并积水和感染、患者的年龄，以及身体一般状况等因素，选择合适的治疗方法。常用的治疗方法有口服排石药物治疗、体外冲击波碎石治疗，以及输尿管软镜碎石治疗和经皮肾镜碎石治疗等。
对于体积比较小的肾结石，可以通过多饮水、适当运动、口服排石药物进行保守治疗。但如果肾结石的体积比较大，往往无法自行通过输尿管排出体外，需要选择体外冲击波碎石，或者输尿管软镜碎石治疗。体外冲击波碎石是通过X线或超声，对结石进行定位，利用高能冲击波作用于结石，使结石粉碎，这是一种体外碎石的方法。输尿管软镜属于体内碎石的方法，软镜通过尿道和输尿管进入到肾盂，找到结石后，利用钬激光将结石粉碎。